mNGS的室间质评：有人拼命秀、有人狂挨揍

临床医师

能这么欢乐的吃瓜，不愧是欢乐喜菌人
——前言

2024年1月，国家卫健委临检中心启动了《中枢神经系统感染宏基因组高通量测序室间质量评价预研》。
7月29日，结果出来了。
一共139家实验室参与，127家回报有效结果，45家满分。



拿了满分的自然是“喜报呈上”，没拿到的则“沉默不语”。
结合这次的结果和一些场外信息，我们也可以好好的吃个瓜

• 谁是消失的“TA”？
  
• 谁上演了炸裂的“拉胯”？
  
• 谁是满分的“拦路虎”？
  

PS：本文仅为个人观点，如有得罪，欢迎留言区贴脸开大。
01消失的“TA”
127家回报有效结果，45家满分。
换句话说，有82家没拿到满分。
“满分不少见，缺谁谁尴尬”
当然，也不一定是没拿满分——没报名也是有可能的。

• ICL三巨头：
  

广州金......金域去哪儿了？
杭州迪......迪安去哪儿了？
不过对于ICL来说，mNGS本身倒也不是强项，就算是真没拿满分，大意失荆州也勉强可以理解。
那把mNGS当安身立命之根本的玩家们，应该没问题吧？

• mNGS五虎：
  

杭州微.......微岩去哪儿了？
没看错的话，这是传统五虎里面唯一的“缺席虎”，扎心了老铁。
五虎缺一虎怎么办？
杰毅，站了出来。
虽然报名要求中明确要求“同一家公司仅允许一家实验室报名”
——但，杭州杰毅从名字上来说关我重庆基拯什么事儿。



别问，问就是在帮微岩补位
——说好了五虎，那必须有五家实验室整整齐齐。
“五虎的荣光，由我来守护”



02  炸裂的“拉胯”
众所周之，随着mNGS竞争进入白热化，“入院”是兵家必争之地。
45家满分实验室中，有32家属于医院的院内实验室。
——这32家的技术平台都是跟谁合作的？
结果这一合计，又有人要被“公开处刑”了.....
我搜集了下公开发言的四家官方表述（之前漏了予果的喜报是我的错...）：



假设大家都没撒谎
——微远保底贡献21家满分（20+的起点是21没毛病吧），杰毅保底贡献3家满分（“多家”的起点是3这个没疑问吧），微岩保底贡献1家满分（毕竟它自己没拿到）。
“小学生都知道，32-21-3-1=7”
留给院内实验室的满分名额最多只剩7家。
也就是说，金匙合作的30家医疗机构，至少有23家没有拿到满分。
扣分率76.6%起步......
放眼整个共建界这也是非常炸裂的存在了。
当然，事物都有两面性，这至少说明金匙很老实——没有在体系内“对答案”。
像下面这两家把“对答案”玩成“抄袭”的，那就不仅仅是水平上的炸裂了。



要么有人在撒谎，要么有人真拉胯。
当然这也给各位PR伙伴上了生动的一课：
“没事别瞎发细节，不说话也许真没事”



03 满分的“拦路虎”
回到此次室间质评的结果上，有哪些题是大家最容易做错的？

• 头号“杀手”：单纯疱疹病毒1型
  

来自于2024S13这个混合感染样本，病原体为单纯疱疹病毒1型和肺炎链球菌，要求准确报告病原体。
从“检测”的角度，不难。
难点在于临床：
社区获得性中枢神经感染一般以单一感染为主，混合感染少见，HSV-1和肺链的混合感染更是少之又少。
检出后报不报，很考验报告组的临床积累及判断。
听说某大厂就是“检出了”但在结合临床的判断中选择了“不报”，喜提-5分。
当然，TA并不孤单，总共有76家在这里栽了跟头。



光是“漏报HSV-1”的，就有71家。
要知道一共只有82家没拿满分。
这些“漏网之鱼”是被哪个病原体补刀了？

• 最强“补刀”：甲型流感病毒
  

总共被漏了66次，尤其是浓度较低的2024S12样本，仅有102家检出。



听说某大厂就是躲过了上面的“单纯疱疹病毒1型”之坑，却在这一项马失前蹄。
喜提“答对S13样本的非满分选手”称号。

• 污染“无法避免”
  

但可以被技术性“消除”。
有 11 家实验室报告了假阳性微生物，其中两家实验室的假阳性情况严重，分别报告了32个和122个假阳性结果。
“恰好”这两家没有建立背景微生物数据库，且没有参考提供的阴性质控结果。



在污染无法从源头避免的情况下，通过建立背景微生物数据库来技术性“消除”，需要成为每一个mNGS实验室的规定动作。
“去污，才能存真”



04“标准”的暗战
当然，此次只是预研
——拿了满分的再接再厉，没拿满分的及早发现问题也不是坏事。
总比到临床真刀真枪的时候出错报告要强。



这一次的“竞争”也不止是“满分与否”，桌面下的暗战是“话语权”。
上一次聊tNGS的时候，有提到标准之争。
这次的室间质评有一个很有意思的细节：
微远基于传统宏基因组技术的IDseq Prime和基于探针捕获的IDseq Ultra都参加了。
而根据预研报名通知中的描述：
探针捕获一定是做了预先假设的——不然怎么设计探针呢？
微远，在擦一种很新的边。
探针捕获，究竟是mNGS 2.0还是tNGS Max？
它预设的竞争对手，是谁？



来源：有趣的胖子万里挑一

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